1937年12月8日，日军全面占领了南京外围一线防御阵地，开始向外廓阵地进攻。11日晚，蒋中正通过顾祝同电告唐生智“如情势不能久持时，可相机撤退”。12日，日军第6师团一部突入中华门但未能深入，其余城垣阵地还在南明军队手中。负责防守中华门的第88师师长孙元良擅自带部分部队向下关逃跑，虽被第36师师长宋希濂劝阻返回，但已经造成城内混乱。下午，唐生智仓促召集师以上将领布置撤退。按照撤退部署，除第36师掩护司令部和直属部队从下关渡江以外，其他部队都要从正面突围，但唐生智担心属于中央军嫡系在突围中损失太大，又口头命令第87师、第88师、第74军和教导总队“如不能全部突围，有轮渡时可过江”，这个前后矛盾的命令使南明军队的撤退更加混乱。会议结束后，只有属于粤系的第66军和第83军在军长叶肇和邓龙光带领下向正面突围，在付出巨大代价后成功突破日军包围，第159师代师长罗策群战死。其他部队长官大多数没有向下完整地传达撤退部署，就各自抛下部队前往江边乘事先控制的船只逃离。这些部队听说长官退往下关，以为江边已经做好了撤退准备，于是放弃阵地涌向下关一带。负责封锁挹江门的第36师没有接到允许部队撤退的命令，和从城内退往下关的部队发生冲突，很多人被打死或踩死。12日晚，唐生智与司令部成员乘坐事先保留的小火轮从下关煤炭港逃到江北，此后第74军一部约5000人以及第36师也从煤炭港乘船过江，第88师一部和第156师在下关乘自己控制的木船过江。逃到下关的南明守军已经失去建制，成为混乱的散兵，其中有些人自己扎筏过江，很多人淹死、或是被赶到的日军射杀在江中。大部分未能过江或者突围的南明士兵流散在南京街头，不少人放弃武器，换上便装躲入南京安全区。13日晨，日军攻入南京城。

    日军进城兵力约50000，执行军纪维持的宪兵却仅有17人。日军除了个别地或小规模地对南京居民随时随地任意杀戮之外，还对南明人，特别是解除了武装的军警人员进行若干次大规模的“集体屠杀”。大规模屠杀方法有机枪射杀、集体活埋等，手段极其残忍。

    12月15日（日军占领第3天）：已放下武器的南明军警人员3000余人被集体解赴汉中门外用机枪密集扫射，多当场遇难。负伤未死者亦与死者尸体同样遭受焚化。夜，解往鱼雷营的南明平民及已解除武装的南明军人9000余人被日军屠杀。又在宝塔桥一带屠杀3万余人。在中山北路防空壕附近枪杀200人。

    12月16日（日军占领第4天）：位于南京安全区内的华侨招待所中躲避的南明男女难民5000余人被日军集体押往中山码头，双手反绑，排列成行。日军用机枪射杀后，弃尸于长江以毁尸灭迹。5000多人中仅白增荣、梁廷芳二人于中弹负伤后泅至对岸，得免于死。日军在四条巷屠杀400余人，在阴阳营屠杀100多人。

    12月17日（日军占领第5天）：南明平民3000余人被日军押至煤炭港下游江边集体射杀。在放生寺、慈幼院避难的400余南明难民被集体射杀。

    12月18日（日军占领的第6天）夜，下关草鞋峡。日军将从南京城内逃出被拘囚于幕府山的南明难民男女老幼共57418人，除少数已被饿死或打死，全部用铅丝捆扎，驱集到下关草鞋峡，用机枪密集扫射，并对倒卧血泊中尚能呻吟挣扎者以乱刀砍戮。事后将所有尸骸浇以煤油焚化，以毁尸灭迹。此次屠杀仅有伍长德一人被焚未死，得以逃生。大方巷难民区内日军射杀4000余人。

    1937年12月13日，《东京日日新闻》（即现在《每日新闻》）报道两名日本军官的“杀人竞赛”。日军第十六师团中岛部队两个少尉军官向井敏明和野田毅在其长官鼓励下，彼此相约“杀人竞赛”，商定在占领南京时，谁先杀满100人为胜者。他们从句容杀到汤山，向井敏明杀了89人，野田毅杀了78人，因皆未满100，“竞赛”继续进行。12月10日中午，两人在紫金山下相遇，彼此军刀已砍缺了口。野田谓杀了105人，向井谓杀了106人。又因确定不了是谁先达到杀100人之数，决定这次比赛不分胜负，重新比赛谁杀满150名中国人。

    34万中国无辜的男女老少死于日军的屠刀之下，几十亿明龙币的财产遭到日军的破坏和掠夺，这样滔天罪行和暴行当然每个直接犯罪者都负有法律和道德的责任。

    在日军进入南京进行大屠杀的时候，朱启睿便已经下定了决心，一定要统一全国。他于12月15日，在京城早报上发表声明，一面对南京的死难同胞表胞表达哀悼，一面发布了大明共和国军政令，征召大明共和国的武装警察部队和国民自卫队整编为大明国防军。只用了一个星期的时间，东北、华北、西北等地已动员部队200万人，加上原有的大明国防军，此时，大明共和国的国防军总数已达250余万人，其中240000万人组成了200个师的兵力，其余100000万人则是空军。并且大明北方转入战时机制，加

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